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1.用窗簾遮蔽光線，關閉房間內的燈光，除去顯微鏡的防塵罩，確保顯微鏡燈室通風良好、無遮蓋。裝上汞燈燈箱，并轉動燈箱卡圈上的撥桿，將燈箱與鏡臂連接。
2.將汞燈燈箱的電源插頭插入熒光電源箱后的插座，再將熒光電源箱的插頭插入220V外接電源。
3.打開電源開關，電壓表顯示出電源電壓，如電源電壓波動不大于額定電壓值的±5%，即可按下啟動開關點燃汞燈，如因天氣太冷或電壓不穩定等原因，一次啟動未點燃汞燈，可以多撳動幾次。待超高壓汞燈弧光達到穩定狀態并達到更大發光效率，即可開始工作。
4.燈泡的調中：
（1）任選一塊標本放在載物臺上；
（2）轉動鏡臂上的聚光鏡旋鈕使聚光鏡移出光路，轉動濾色片組轉換手輪，將紫光(V)或藍光(B)或綠光(G)激發濾色片組轉入光路，并將10X熒光物鏡轉入光路；
（3）調節粗微調手輪，將標本像調焦清晰；
（4）前后推動垂直照明器右邊的聚光鏡調焦推桿，使視場光欄成像清晰，轉動視場光欄撥桿將視場光欄收小，調節視場光欄調中螺釘使視場光欄居中，然后再將視場光欄開至更大；
（5）轉動鏡臂上的聚光鏡旋鈕使聚光鏡移入光路，前后調節燈箱上的聚光鏡撥桿，使汞燈的弧光在視場內成像清晰；
（6）調整燈箱上的燈泡水平調節螺釘和垂直調節螺釘，使汞燈的弧光居中；
（7）調整反光鏡水平調節螺釘和垂直調節螺釘，使光源的反射像與汞燈的弧光分開；
（8）轉動聚光鏡旋鈕把聚光鏡移出光路，此時視場照明均勻。
5.熒光觀察：
（1）將熒光染色標本放到載物臺上。
（2）將10X平場物鏡或40X熒光物鏡轉入光路，調節載物臺縱橫移動手輪，將標本移入光路。
（3）轉動濾光片轉換撥輪，將熒光染色標本所需要的激發濾光片組轉入光路。激發濾光片組編號刻在濾片組轉換撥輪上。濾光片選擇正確與否，是熒光顯微鏡能否得到正確應用的關鍵。選用濾光片時，必須遵守斯托克斯定律：激發濾光片的透射波長<雙色束分離器的透射波長<阻斷濾光片的透射波長。
由于激發濾光片、雙色束分離器和阻斷濾光片，出廠時已按其用途和本身的光學特性進行了嚴格的組合匹配，在觀察和攝影時，只需選擇濾光片組即可。
（4）調節粗調手輪，當看清熒光圖像輪廓后，再用微調手輪調焦，直至看到清晰的熒光圖像。
（5）當需要得到較強的熒光圖像時，可轉動聚光鏡旋鈕把聚光鏡移入光路，可獲得較明亮的熒光圖像。
（6）當需要使用40X或100X熒光物鏡觀察時，應在標本和物鏡間加上甘油，油中不能有影響觀察的小泡或雜質。使用時可使甘油慢慢浸潤一會兒，然后輕輕左右來回轉動物鏡轉換器以排除氣泡。
6.熒光顯微攝影——顯微鏡攝像頭
由于熒光圖像一般均較明場觀察暗得多，所以進行熒光顯微攝影需要較長的曝光時間，在曝光時應注意避免儀器震動。
熒光顯微鏡攝影技術對于記錄熒光圖像十分必要，由于熒光很易褪色減弱，要即時攝影記錄結果。方法與普通顯微攝影技術基本相同。
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